МИКРОФЛОРА (микро… ва флора) – муайян табиий муҳит (тупроқ, сув, ҳаво, озиқ-овқат маҳсулотлари, ҳайвон, ўсимлик, одам организми ёки органлари) да яшайдиган микроорганизмлар мажмуи. Микрофлора термини, одатда, табиий субстратларга нисбатан кўлланади. Микроорганизмларнинг муҳитдаги сони текширилаётган модданинг маълум ҳажмини қаттиқ ёки суюқ озиқ муҳитида ўстириш ёки б. йўллар билан аниқланади. Ифлосланганлик даражасига қараб 1мл сувда 5 мингдан 100 минггача, 1 г тупроқда 2—3 млн. гача микроорганизмлар бўлиши мумкин. Одам ва ҳайвонлар териси, шиллиқ пардалари, меъдаси, ичаклари ва б. органлари ҳам Микрофлоранинг доимий яшаш жойи бўлиб, нормал шароитда организмга зиён етказмайди.